Кыргызстан Мусулмандарынын Аалымдар Кееңеши Кыргызстан Мусулмандар Курултайынан кийинки жогорку органы болуп саналат. Аалымдар Кеңеши өз иш аракеттерин Кыргыз Республикасынын кызыкчылыгын, Ислам дининин, Кыргызстан Мусулмандарынын укугун когоо жана колдоо максатында жүргүзөт. Аалымдар Кеңеши өзүнүн ишмердүүлүгүн Курултай тарабынан бекитилген «Аалымдар Кеңеши жөнүндөгү Жобонун» негизинде алып барат. 21 кишиден турган Аалымдар Кеңешинин мүчөлөрүн Куралтай үч жылга шайлайт.
Аалымдар кеңешинин төрөгасы
Абдишукур ажы Нарматов
Аалымдар кеңешинин төрөгасынын оорун басары
Марс ажы Ибраев
Аалымдар кеңешинин төрөгасынын оорун басары
Абибилла ажы Кадырбердиев
Шахомахомат ажы Шаюсупов
Тажибай ажы Байтеитов
Кадыр ажы Маликов
Бактияр Токтогазы уулу
Жигитали ажы Исмаилов
Кабылбек ажы Акматов
Кенжетай ажы Курманходжаев
Кимсанбай ажы Абдурахманов
Кочконбай ажы Садиллаев
Абдыманап ажы Масалиев
Мамасабыр ажы Досболов (Молдо Сабыр)
Нурдин ажы Асомудинов (Молдо Надыр)
Сайдамир ажы Джейналиев
Ниязали ажы Арипов
Фархат ажы Юсупов
Чубак ажы Жалилов
Жакшылык ажы Борочоров
Абдымалик ажы Турсунбеков